Centar za socijalnu skrb Zagreb predstavlja i zastupa ravnateljica, koja imenuje predstojnike podružnica. Predstojnik vodi podružnicu te organizira i vodi stručni rad u okviru djelatnosti podružnice.
Centar za socijalnu skrb Zagreb ima 12 podružnica koje djelomično prate teritorijalnu podjelu Grada Zagreba na gradske četvrti, a u kojima građani Grada Zagreba ostvaruju prava i usluge iz sustava socijalne skrbi:
- Podružnica Črnomerec
- Podružnica Donji Grad
- Podružnica Dubrava
- Podružnica Gornji Grad – Medveščak
- Podružnica Maksimir
- Podružnica Novi Zagreb
- Podružnica Peščenica
- Podružnica Sesvete
- Podružnica Susedgrad
- Podružnica Trešnjevka
- Podružnica Trnje
- Podružnica Obiteljski centar za Grad Zagreb
- Podružnica Obiteljski centar za Zagrebačku županiju
Svaka podružnica i Sjedište imaju svoje Stručno vijeće koje čine svi stručni radnici podružnice. Ono daje prijedloge i mišljenja o stručnim pitanjima koja se odnose na djelatnost podružnice, odnosno Centra utvrđenih zakonom i Statutom. Predsjednici Stručnih vijeća podružnica i Sjedišta čine Stručno vijeće CZSS-a Zagreb.
Stručno vijeće raspravlja i daje mišljenje i prijedloge o:
- stručnim pitanjima koja se odnose na djelatnost podružnice, odnosno centra za socijalnu skrb utvrđenu zakonom i drugim propisima
- ustroju centra za socijalnu skrb i podružnice
- najsloženijim stručnim pitanjima vezanim za ostvarivanje prava i drugih djelatnosti centra za socijalnu skrb
- godišnjem planu i programu rada podružnice
- potrebi stručnog usavršavanja
- drugim pitanjima utvrđenim statutom centra za socijalnu skrb.